Este é o órgão encarregado da gestão administrativa, financeira e patrimonial da FMH (Art.º 26.º, n.º 1 dos Estatutos da FMH). O Conselho de Gestão é composto por:
Presidente
- Professor Doutor Luís Bettencourt Sardinha
Vice-Presidente
- Professor Doutor Paulo Martins
Diretora Executiva
- Dra.Dulce O´Neill
Chefe da Divisão de Apoio Técnico
- Dr.Carlos David
