A FMH dispõe de dois Departamentos:
Têm por missão a criação e a transmissão de conhecimento de elevada qualidade no seu domínio científico e áreas afins, competindo-lhes a organização de programas e projetos de natureza científico-pedagógica e científico-tecnológica, bem como a gestão de recursos humanos e materiais na prossecução da sua missão. São constituídos por um grupo de pelo menos 20 doutorados.
A FMH dispõe de dois Departamentos: